La serie se inicia en el año 2015 de la era cristiana, quince años después del primer y desastroso contacto con unos misteriosos seres conocidos como ángeles, que resultó en un cataclismo a escala mundial llamado Segundo Impacto, que redujo a la mitad la población humana en la Tierra. Para prevenir futuros ataques de ángeles, la ONU estableció en Tokio-3 la organización NERV, la cual desarrolló una serie de gigantes biomecánicos llamados Evangelion —abreviado EVA— para combatirlos. Debido a que los Evangelion solo pueden ser pilotados por adolescentes, el dirigente de NERV, Gendō Ikari, se comunica con su distanciado hijo, Shinji, para que pilote la unidad 01 de los Evangelion, y acabe con el Tercer Ángel, que se halla atacando la ciudad. Aunque al principio Shinji se niega a cooperar, acaba accediendo al ver el acto aparentemente cruel de su padre de obligar a la malherida Rei Ayanami a pilotar el EVA. A bordo del Evangelion, Shinji es dejado inconsciente al poco tiempo de comenzar la batalla, pero súbitamente el EVA actúa por sí mismo y destruye al ángel.
Tras eso, Shinji se adapta a su nueva vida en Tokio-3, viviendo con la capitana Misato Katsuragi como su tutora. En la escuela de la ciudad conoce a los que serán sus mejores amigos, Toji Suzuhara, Kensuke Aida y Hikari Horaki, así como a la enigmática Rei Ayanami, piloto de la unidad 00.
